tree_from_swc — GRAPH tree op

• 데이터 종류: text → table

• 호출: import fullseye as fs; fs.ledger.tree_from_swc(swc)(구현을 직접 호출하려면 import treemorph; treemorph.tree_from_swc(swc), 원장에서 가져오려면 opsgraph.get("tree_from_swc"))

사용법

> 이 연산자의 설명은 아직 번역이 없습니다. 원문을 그대로 싣습니다.

Parse an SWC text (or a path to a .swc file) into a checked tree table.

Returns a dict with id (n,), type (n,), xyz (n, 3), radius (n,), parent_index (n,; -1 for the root, otherwise the row of the parent) and root (row of the root). Rows keep the file order. Comment lines (#) and blank lines are skipped.

Raises ValueError: not a string; a data line with fewer than 7 fields or unparsable numbers; no nodes; duplicate ids; zero or more than one root (parent == -1); a parent id that is not smaller than its child's; a parent id that does not exist; non-finite coordinates or radius; a negative radius; more than MAX_TREE_NODES nodes.

참고(샘플 데이터·문헌)

• 샘플 데이터 카탈로그(DL URL / 라이선스) —— 2-D 는 skimage.data(BSD/public)+ 합성, 3-D 는 실데이터 소스(Stanford/PDS 등)의 DL URL.

• 연산자의 내력·참고문헌 —— 이 연산자 족의 바탕이 된 연구/기법의 출처.

• 알고리즘의 정전(저자·연도)과 용도는 위의 패밀리 사용 가이드에 적혀 있습니다.

실행 가능한 예제(이 연산자를 실제로 호출하는 검증된 샘플)

• poc_skeleton_run_length_vs_voi — py -3.11 examples/poc_skeleton_run_length_vs_voi.py

• poc_swc_tree_truth — py -3.11 examples/poc_swc_tree_truth.py

• poc_worm_neurites_grow — py -3.11 examples/poc_worm_neurites_grow.py

• poc_worm_synapses_vs_neurites — py -3.11 examples/poc_worm_synapses_vs_neurites.py

타입이 이어지는 다음 연산자(table 를 입력으로 받는 것)

graph_edge_consensus · graph_core_persistence · tree_morphometry · tree_sholl · tree_run_length

같은 카테고리(tree)

tree_morphometry · tree_sholl · tree_run_length

*Provenance: treemorph.py — GRAPH 연산자 레지스트리. 이 op 노트는 tools/opdocs.py md 가 자동 생성합니다(직접 편집하지 마세요).*

© 2026 Kazufumi Furuse — Fullseye operator documentation. Licensed under Apache-2.0.