LICENSE
MANIFEST.in
README.md
pyproject.toml
setup.cfg
setup.py
src/Alphabet.py
src/BiMarkers.py
src/BirthDeath.py
src/Executor.py
src/GTR.py
src/GeneTrees.py
src/GraphUtils.py
src/IO.py
src/Infer_MP_Allop.py
src/Logger.py
src/MCMC_GT.py
src/MPL.py
src/MSA.py
src/Matrix.py
src/MetropolisHastings.py
src/ModelFactory.py
src/ModelGraph.py
src/ModelMove.py
src/ModelSelection.py
src/Network.py
src/NetworkMoves.py
src/Newick.py
src/Phylo.py
src/PhyloNet.py
src/SNPSimulator.py
src/State.py
src/Strategy.py
src/Sync.py
src/Traversal.py
src/Validation.py
src/Visitor.py
src/__init__.py
src/_infer_mp_allop.py
src/_mcmc_gt.py
src/_mpl.py
src/graph_core.py
src/infer.py
src/cython/__init__.py
src/cython/graph_core_cy.pyx
src/cython/gt_msc_cy.pyx
src/cython/mpl_engine_cy.pyx
src/cython/network_cy.pyx