#!/bin/bash

#rapidtide \
#    --spatialfilt -1 \
#    --nprocs -1 \
#    --searchrange -5 20 \
#    --simcalcrange 50 -1 \
#    --outputlevel more \
#    --nofitfilt \
#    --corrtype linear \
#    sub-RAPIDTIDETEST.nii.gz \
#    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST

simdata \
    1.5 \
    260 \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-unfiltmean_map.nii.gz \
    ../dst/simulatedfmri_vn05 \
    --lfopctfile ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-maxcorr_map.nii.gz \
    --lfolagfile ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-maxtimerefined_map.nii.gz \
    --lforegressor ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-movingregressor_timeseries.json:pass3 \
    --voxelnoiselevel 5.0

rapidtide \
    --spatialfilt -1 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -5 20 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --outputlevel more \
    --nofitfilt \
    --corrtype linear \
    ../dst/simulatedfmri_vn05.nii.gz \
    ../dst/simrapidtide_vn05

simdata \
    1.5 \
    260 \
    ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-unfiltmean_map.nii.gz \
    ../dst/simulatedfmri_sigfrac \
    --lfosignalfraction ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-lfofilterInbandVarianceChange_map.nii.gz \
    --lfolagfile ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-maxtimerefined_map.nii.gz \
    --lforegressor ../dst/sub-RAPIDTIDETEST_desc-movingregressor_timeseries.json:pass3 

rapidtide \
    --spatialfilt -1 \
    --nprocs -1 \
    --searchrange -5 20 \
    --simcalcrange 50 -1 \
    --outputlevel more \
    --nofitfilt \
    --corrtype linear \
    ../dst/simulatedfmri_sigfrac.nii.gz \
    ../dst/simrapidtide_sigfrac
