seg_synapse_nri — EMPROOF `wiring` op

• Datenarten: labels2d × labels2d × table → table

• Aufruf: import fullseye as fs; fs.ledger.seg_synapse_nri(a, b, synapses, spacing=None, background=0) (die Implementierung direkt: import segcompare; segcompare.seg_synapse_nri(a, b, synapses, spacing=None, background=0); aus dem Register: opsemproof.get("seg_synapse_nri"))

Verwendung

> Für diesen Operator gibt es noch keine Übersetzung. Es folgt der Originaltext unverändert.

Neural reconstruction integrity (Reilly et al. 2018) of candidate `b against truth a`.

NRI scores the pairs of synapse ends that a reconstruction keeps together. Over the

`2n ends (synapses as in :func:seg_synapse_partners; ends on background` in

the truth are dropped, ends on background in the candidate are singletons), a pair of

ends that lies in one truth neuron and one candidate object is a true positive; a

pair in one truth neuron but different candidate objects is a false negative (a split);

a pair in one candidate object but different truth neurons is a false positive (a

merge). `nri = 2TP / (2TP + FP + FN) with the pair precision and recall`.

Identity (checked inside, fail-closed): with `n_ij` the contingency table of the ends,

`TP = sum C(n_ij, 2), TP + FN = sum C(s_i, 2), TP + FP = sum C(t_j, 2)`, so NRI

is exactly `1 - adapted_rand_error of :func:seg_rand` taken over the ends (the

`- N form of the pair counts is 2 C(n, 2)`). Both are computed and must agree to

1e-12. Returns `nri, precision, recall, tp, fp, fn, n_ends`.

Raises `ValueError: as :func:seg_wiring_variation`; fewer than 2 ends.

Ausführlicher Anwendungsleitfaden

• Leitfaden zur Familie emproof

Referenzen (Beispieldaten, Literatur)

• Katalog der Beispieldaten (Download-URLs / Lizenzen) — 2-D nutzt skimage.data (BSD/Public Domain) plus synthetische Bilder, 3-D nennt Download-URLs echter Datenquellen (Stanford, PDS, …).

• Herkunft und Literatur der Operatoren — die Quellen der Forschung/Verfahren, auf denen diese Operatorfamilie beruht.

• Der kanonische Algorithmus (Autor, Jahr) und seine Anwendungen stehen im Familienleitfaden oben.

Ausführbare Beispiele (verifizierte Samples, die diesen Operator wirklich aufrufen)

• poc_em_wiring_errors — py -3.11 examples/poc_em_wiring_errors.py

Typkompatible Folge-Operatoren (nehmen `table` als Eingabe)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_wiring_exposure

Gleiche Kategorie (`wiring`)

seg_synapse_partners · seg_wiring_variation · seg_wiring_exposure

*Provenance: segcompare.py — EMPROOF Operator-Registry. Diese Notiz wird von tools/opdocs.py md erzeugt (nicht von Hand bearbeiten).*

seg_synapse_nri — EMPROOF wiring op