LICENSE
README.md
pyproject.toml
rectify/__init__.py
rectify/__main__.py
rectify/cli.py
rectify/config.py
rectify/slurm.py
rectify/core/__init__.py
rectify/core/ag_mispriming.py
rectify/core/analyze_command.py
rectify/core/atract_detector.py
rectify/core/bam_processor.py
rectify/core/correct_command.py
rectify/core/indel_corrector.py
rectify/core/netseq_refiner.py
rectify/core/polya_model.py
rectify/core/polya_trimmer.py
rectify/core/processing_stats.py
rectify/core/spikein_filter.py
rectify/core/train_polya_command.py
rectify/core/validate_command.py
rectify/utils/__init__.py
rectify/utils/alignment.py
rectify/utils/genome.py
rectify/utils/stats.py
rectify_rna.egg-info/PKG-INFO
rectify_rna.egg-info/SOURCES.txt
rectify_rna.egg-info/dependency_links.txt
rectify_rna.egg-info/entry_points.txt
rectify_rna.egg-info/requires.txt
rectify_rna.egg-info/top_level.txt
tests/test_ag_mispriming.py
tests/test_analyze.py
tests/test_atract.py
tests/test_config.py
tests/test_indel_correction.py
tests/test_netseq_refiner.py
tests/test_parallel_processing.py
tests/test_polya_trimming.py
tests/test_slurm.py